EMDR terapide 8 aşamalı, üç yönlü (geçmiş, şimdi, gelecek) bir protokol uygulanır. Bu protokol değiştirilemez ve 8 aşamanın da uygulanması gerekmektedir. Hedef, geçmişte yaşanan anıların yeniden işlenerek duyarsızlaşmanın sağlanması, bugünkü semptomların tedavisi, danışanın gelecekte karşılaşacağı benzer sorunlar karşısında kazandığı olumlu inanç ve duyguların geliştirdiği yeni bakış açısının yönlendirdiği davranışları gösterebilmesidir. Kişi yaşadığı travmaya karşı duyarsız hale gelirken aynı zamanda gelecekte karşılaşacağı durumlara karşı ego gücü de kazanır. Yıllardır yaşadığı döngüyü kırar ve farklı adımlar atar.
Terapistin EMDR ve diğer terapi yöntemleri konusunda yeterli eğitime sahip olması çok önemlidir. EMDR Terapist listesi halen EMDR Derneği internet sitesinde mevcuttur. Aksi takdirde, yarım kaldığında ya da yanlış uygulandığında, terapinin yararsız olması hatta daha kötüsü zarar vermesi gibi bir risk ortaya çıkar. Terapistiniz aynı zamanda olası zorlukları veya EMDR terapinin kullanılamayacağı durumları gözden geçirmeli, gerektiğinde sizin için daha uygun olacak başka bir terapi uygulaması önermelidir.
EMDR terapide bir seans ortalama olarak 1-1.5 saat sürmektedir. EMDR, terapi literatüründe ‘kısa süreli terapiler’ grubunda yer alır. EMDR tedavisinin ne kadar süreceği sorunun tipi, danışanın bugünkü yaşam koşulları, önceki travmaların sayısı ve etkisi ile bağlantılıdır. Kişinin olumsuz yaşantılarının sayısı, negatif kognisyonları ve ego gücü terapi sürecini belirler. Her bireyin bilgileri, değerleri ve deneyimleri doğrultusunda kendine has bir biçimde işlemesi de süreyi etkiler.